单细胞转录组测序指的是在单个细胞水平上研究基因表达的一项技术,其主要技术原理是每个分离得到的单细胞内含的微量
mRNA 通过高效扩增后再进行测序,因此单细胞转录组测序可以有效解决细胞异质性问题,有助于细分细胞亚群并发现新的细胞类型,了解细胞发育和分化的调控机制等。
单细胞转录组测序可实现大量大细胞的快速高效标记、测序和分析,获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况,并通过对复杂细胞群体进行深入细致分析,绘制大规模单细胞表达图谱。
10X Genomics平台首先利用微流控技术分选单个细胞,然后将带有barcode和引物的凝胶珠以及单个细胞包裹在油滴中;
在油滴中凝胶珠溶解释放反转录oligo,细胞裂解释放mRNA,通过mRNA 末端标签扩增(3’WTA)法获得用于测序的带barcode的cDNA;
液体油层破坏后,cDNA进行后续文库构建,使用Illumina测序平台检测,即可一次性获得大量单细胞的基因表达数据,10min内自动完成多至80,000个细胞的捕获,细胞捕获率最高65%。
1. 真正单细胞测序
2. 超高细胞通量
3. 细胞捕获效率高
4. 细胞可适性高
5. 多态率低
6. 时间周期短
7. 性价比高
1. 组织器官大规模细胞图谱构建
2. 细胞分型细化 & 稀有细胞类型鉴定
3. 肿瘤方向研究
4. 免疫研究
5. 神经科学研究
6. 干细胞发育及分化研究
7. 发育生物学
8. 生物标志物 / 疾病分型
9. 植物细胞图谱 & 发育、胁迫研究