表观遗传学

DNA甲基化、基因沉默、染色质构象变化、RNA编辑等

m6A/lncRNA m6A/微量m6A seq

1、技术简介

        近年来RNA上修饰逐渐成为研究的热点,包括N6甲基腺苷修饰(m6A)、N1甲基腺苷修饰(m1A)、甲基胞嘧啶修饰(m5C)、假尿苷修饰(Ψ)等。作为mRNA中最常见的甲基化修饰,m6A主要富集在mRNA的启动子区、终止密码子区附近。作为一种可逆化修饰,RNA既可以在甲基化转移酶的作用下发生m6A甲基化修饰,又可以在FTO、ALKBH5等酶的作用下发生去甲基化修饰。
         已知mRNA 5’ UTR处的甲基化修饰,作用包括维持mRNA稳定性、mRNA前体剪切、多腺苷酸化、mRNA运输与翻译起始等。而3’ UTR 发生的修饰有助于出核转运、翻译起始,以及与polyA结合蛋白一起维持mRNA的结构稳定。另外RNA甲基化阅读蛋白还能识别miRNA初级体上的m6A修饰,有助于miRNA成熟体的加工。一旦参与m6A修饰的酶出现异常会引起一系列疾病,包括肿瘤、神经性疾病、胚胎发育迟缓等。

2、技术流程

        meRIP-seq是参考ChIP-seq发展出来的鉴定RNA修饰的一种方法,可以广泛应用于RNA修饰的研究,目前meRIP-seq已成功应用于m6A修饰(m6A-seq)。
         meRIP-seq的实验原理如下图所示:首先通过polyA捕获mRNA,或者通过rRNA剔除去掉rRNA,然后将获得的RNA打成100nt左右的小片段;之后使用m6A抗体进行免疫共沉淀,含有m6A修饰的RNA片段被富集并回收;进而对回收的RNA进行文库构建、高通量测序和生物信息学分析,通过peak分析鉴定出m6A修饰的位点。

3、部分结果展示

参考基因组比对区域分布
reads在基因上的分布
差异peak的GO富集散点图