表观遗传学

DNA甲基化、基因沉默、染色质构象变化、RNA编辑等

Hi-C seq

1、技术简介

        Hi-C(High-throughput chromosome conformation capture),即高通量染色体捕获技术,可在全基因组范围研究 DNA 的相互作用,描绘高分辨率的染色质三维结构图谱,得到 A/B compartment、拓扑相关结构域(TAD)、染色质环(loop)三个层级的信息。 Hi-C 技术与表观多组学研究手段联合分析的整体研究思路,从三维表观遗传组学层面深入研究疾病发生发展的机制。

2、技术流程

         A, 甲醛固定细胞;
         B. DpnII 消化 DNA,识别 GATC,生成 5'-GATC 粘性末端;
         C. 用 dNTPs 和生物素 -14-dATP 填平 5'粘性末端,成为平端。连接平端,生成一个新的限制性酶切位点(Clal),可用于评估填平效率。连接之后,交联逆转,去除 DNA 中的蛋白质;
         D. 去除未连接端的生物素。DNA 被切成 200~300bp 的片段,适用于双端测序;
         E. 用链霉亲和素磁珠富集连接产物,再加接头。

3、结果展示

A/B compartment分析图
TAD鉴定图
TAD特征分析图
Loop鉴定图