10×Genomics单细胞

研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。

10×Genomics单细胞ATAC seq

1、技术简介

        ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,染色质易开放区域测序)是2013年由美国Stanford大学的William Greenleaf教授研发了一种全新的方法,利用DNA转座酶结合高通量测序技术,来研究染色体的可进入性。

2、技术原理

        ATAC-seq的原理是,染色质易开放区域测序利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,通过生物信息分析鉴定转录因子结合位点和核小体区域位置,从而为研究基因调控、DNA 印记等提供有效的方法。通过研究特定状态下开放染色质,可以在DNA水平研究基因转录调控。
         10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution(10x scATAC-seq)是10x Genomics新推出单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网络,为深入了解疾病的诊断和治疗铺平道路。

3、技术优势

         1. 可检测单细胞转录调控区域中的开放染色质。
         2. 每个通道可容纳 500-10000 个细胞核。
         3. 细胞核捕获率高达 65%。
         4. 运用 10x 官方软件和工具,可对单细胞基因调控网络进行精细化分析。

4、部分结果展示

插入片段分布图
IDR Peak分析结果图
组间Peak韦恩图
Peak长度统计