1、技术简介

        细菌全基因组具有相对较小、重复序列较高、易于突变等特点，通过全基因组测序，可以对细菌基因组进行测序、拼接、组装，获得完整细菌基因信息。细菌 denovo 测序已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。目前，细菌全基因组测序利用三代测序结合二代测序的方法可以得到 0 Gap 的完整的基因组序列；对其进行功能基因注释以及个性化分析，全面解析细菌生物学意义。

2、分析内容

         1. 数据质控/基因组初步组装/基因组情况评估;
         2. 基因组组分分析：编码基因预测； 重复序列注释； 非编码 RNA 预测； 假基因分析；
         3.细菌基因岛预测； 前噬菌体预测； CRISPR 序列预测;
         4.基因组圈图;
         5.基因功能注释：通用数据库注释：GO, KEGG, COG, Swiss-prot, Nr, pfam； 信号肽预测、跨膜蛋白、转运蛋白、分泌蛋白分析； 各专用数据库注释：CAZyme，ARDB，PHI， VFDB；
         6.基因表观修饰： 6mA、4mC 甲基化修饰位点信息； 特异性 motif 分析;
         7.比较基因组分析：基因家族分类；特有和共有基因检测；快速进化基因检测；物种间进化关系分析；共线性分。

3、部分结果展示