染色体免疫共沉淀(Chromatinimmunoprecipitation,ChIP)是一种可在体内用来确定与某一特定蛋白结合或蛋白定位所在的特异性DNA序列的技术。
ChIP是一项比较流行的研究转录因子( transcription
factor,TF)与启动子(promoter)相互结合的实验技术。由于ChIP采用甲醛固定活细胞或者组织的方法,所以能比较真实的反映细胞内TF与Promoter的结合情况。这个优势是EMSA这个体外研究核酸与蛋白相互结合的实验方法所不能比拟的。当用甲醛处理时,相互靠近的蛋白与蛋白,蛋白与核酸(DNA或RNA)之间会产生共价键。细胞内,当TF与Promoter相互结合(生物意义上的结合)时,它们必然靠的比较近,或者契合在一起,这个时候用甲醛处理,能使它们之间产生共价键。
染色质免疫沉淀技术(ChIP)通过与染色质片段共沉淀和PCR技术,在体内检测与特异蛋白质结合的DNA片段。ChIP技术最大的优点就是在活体细胞状态下研究了蛋白质和目的基因结合状况,减少了体外实验的误差。在活体细胞中,先对与调节蛋白结合的染色质进行分离,然后通过一定的方法(例如:超声波)随机剪切染色质,用调节蛋白的抗体沉淀目的染色质,再通过一定手段把目的染色质上的蛋白质去除掉,最后用PCR等方法检测鉴定共沉淀的DNA片段的特性。