环状RNA(circular RNAs,circRNAs),广泛存在于人和动植物中,是一类新的隐秘未知但却功能异常强大的非编码RNA。不同于线性RNA,circRNAs呈封闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。这种特性,预示circRNAs有巨大潜力成为新的临床诊断标志物。最近研究证实,circRNAs是ceRNA调控网络中的重要成员,可以像“海绵”一样大量吸附miRNAs,进而调控基因表达。
circRNA-seq是设计专门用来高通量检测circular RNA的方法,利用circular RNA环状结构、核酸外切酶无法切割的特征,使用RNase R消化线性RNA,富集circular RNA;进而对富集的circular
RNA进行测序文库的构建、高通量测序和生信分析,对circular RNA进行系统性鉴定,其实验步骤如下
1.RNA中占比最高的核糖体RNA剔除
2.RNA中占比次高的tRNA、snoRNA、snRNA等小分子RNA剔除
3.RNase R消解大分子线性RNA,如mRNA、lncRNA等,富集circRNA;
4.对circRNA进行测序文库构建;
5.高通量测序;
6.生物信息学分析。