基因组学

对生物体所有基因进行集体表征、定量研究及不同基因组比较,研究基因组的结构、功能、进化、定位和编辑等

16S/18S/ITS(全长)测序

1、技术简介

        “微生物组”(Microbiome)是指由多种微生物群居在一起形成的生态群落,地球上的各种变化都和微生物息息相关,在地球的各个生态环境中,微生物表现出了极大的多样性,目前微生物多样性的研究手段主要是通过检测细菌和真菌的核糖体RNA,核糖体RNA即 rRNA,占RNA总量的82%左右。核糖体RNA编码的DNA序列中既有保守区又有可变区,保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系,而高变序列区则体现物种间的差异。
         其中16S rDNA存在于所有细菌基因组,能体现不同菌属之间的差异,目前被广泛用于病原菌的检测和鉴定。16S rDNA全长测序可用于分析细菌群落结构多样性。18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列,对其全长进行测序可用于分析真核微生物的群落结构。ITS是真核生物中18S rDNA和28S rDNA转录间隔序列,其全长序列分析可用于真菌群落结构分析。
         全长序列测定的方案,仅需少量DNA即可获得16S/18S/ITS rDNA全长序列,完美搭配高通量测序的通量高准确性好的优势,获得更准确的物种分类,更多的物种鉴定,在系统发育、群落鉴定和代谢通路预测方面更有优势。

2、技术优势

        1. 快速获得 16S/18S/ITS 的全长序列,覆盖信息更全面
         2. 获得更准确的物种分类,对细菌的鉴定可精确到种水平
         3. 获得更丰富的物种类型
         4. 耐药基因分析
         5. 毒力基因分析
         6. 代谢基因及抗性基因分析

3、部分结果展示

小提琴图
PCA主成分分析
PCoA分析